В фармацевтической промышленности глубинная фильтрация служит, в основном, для сокращения мути, т.е. удаления частиц < 5 мкм, микроорганизмов и пирогенов в исходных, промежуточных и конечных продуктах.

При применении в биотехнологии фильтрация проводится, например, после отделения биомассы и перед концентрацией ценных веществ путем выпаривания или сублимационной сушки.